Die Kirche insgesamt befand sich nach dem Zweiten Vatikanischen Konzil in einem Umbruch, der auch in Weißenthurm zu Veränderungen führte. So wurden zum Beispiel die Innenwände der Kirche weiß übertüncht, die Kanzel versetzt und der Altartisch in die Mitte des Chorraumes gebaut.

Den schweren romantischen Orgelklang wollte man durch einen leichteren, filigranen barocken Klang ersetzen. Hierzu war ein kompletter Umbau der Klais-Orgel erforderlich.

Damit der Chor mehr Platz hatte, wurde der Orgelprospekt ca. 20 cm nach hinten versetzt. Der Spieltisch kam nach vorne, damit der Organist auch gleichzeitig den Chor dirigieren kann.  

Im Innern der Orgel erfolgten aber die folgenreichsten Umbauten. Hier fehlte es an Platz an allen Ecken und Enden. So wurden viele Register um 90 Grad gedreht und reichten nun bis in den Durchbruch zum Glockenturm. Auch wurden die neuen Register so eng angeordnet, dass diese weder zum Stimmen noch für eine Reparatur zu erreichen sind.  

Des weiteren wurde die "Windzufuhr" und auch der Druck geändert. Für die neuen Register  wurde auch eine andere Ventiltechnik verwendet. Die Luft vom Gebläse wurde nun nicht mehr über hölzerne Kanäle zu den Windladn geleitet, sondern mit flexiblen Pappschläuchen.

Aufgrund der schwierigen bis nicht möglichen Wartung, sind viele Pfeifen und sogar auch ganze Register ausgefallen.

Beim Umbau von 1972 wurden viele handwerkliche Fehler gemacht die zu einem fragwürdigen musikalischen bzw. klanglichen Ergebnis führen. Der Versuch eine romantische Orgel zu barockisieren ist fehlgeschlagen. Das Ergebnis dieses Umbaus war schon damals umstritten.

Viele Register sind gar nicht oder nur sehr schwer erreichbar und mittlerweile ausgefallen. Eine Reparatur scheint unter diesen Voraussetzungen weder möglich noch sinnvoll, da die grundsätzlichen Fehler und Probleme dadurch nicht beseitigt würden.

Da ein Orgelneubau auch aus finanziellen Erwägungen nicht in Frage kommt, muss nach Alternativen gesucht werden. Hier wurde schon die Anschaffung einer digitalen Orgel geprüft. Das scheint aber auch nicht so einfach möglich zu sein, da diesem Vorhaben denkmalpflegerische Vorgaben sowie eine ablehnende Haltung der Bistumsverwaltung entgegenstehen.

Was bleibt, ist die Wiederherstellung der Klais-Orgel von 1910. Anders als dies vielleicht gerade so klingt, ist dies keine Notlösung! Ganz im Gegenteil! Dafür spricht sehr viel, z. B. dass die meisten Pfeifen sowie verschiedene Baugruppen der urprünglichen Klais-Orgel noch erhalten sind. - Und das sogar in einem recht guten Zustand. Ein tragbares Konzept für eine Rekonstruktion liegt vor und könnte als Grundlage dienen. Die ursprüngliche Klais-Orgel ist mittlerweile über 100 Jahre alt und ist somit ein historisches Instrument, das sich auf jeden Fall lohnt zu erhalten. Denn es würde ein selten gewordenes Juwel wieder belebt, wovon es aus dieser Epoche kaum noch welche gibt!